Кисты вилочковой железы делятся на три группы: врожденные, воспалительные и опухолевые. Врожденные кисты вызваны ретенцией тимофарингиального протока, в просвете которого скапливается жидкость или кровь. Кисты воспалительного происхождения редки. Опухоли вилочковой железы связаны с дегенерацией опухоли и могут вызвать сдавление трахеи и нарушение дыхания. Тимомы делятся на эпителиальные, лимфоидные и тератоидные, могут быть доброкачественными и злокачественными.