Bugungi talabalar va tadqiqotchilar zamonaviy avlodlar ketma-ketligini ma'lumotlarni tahlil qilishda yordam beradigan zamonaviy bioinformatikaning yaqinda paydo bo'lganiga ishonish oson. Biroq, bioinformatikaning boshlanishi 50 yildan ko'proq vaqt oldin, ish stoli kompyuterlar hali ham gipoteza bo'lganida va DNKni hali ketma-ketlashtirish mumkin bo'lmagan paytda sodir bo'lgan. Bioinformatikaning asoslari 1960-yillarning boshlarida oqsillar ketma-ketligini tahlil qilishda hisoblash usullarini (xususan, biologik ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari va almashtirish modellari) qo'llash bilan yaratilgan. Keyinchalik, DNKni tahlil qilish molekulyar biologiya usullarining parallel rivojlanishi tufayli paydo bo'ldi, bu DNK bilan manipulyatsiyani osonlashtirishga imkon berdi, shuningdek uning ketma-ketligi va kompyuter fanlari tobora miniatyura va kuchliroq kompyuterlar paydo bo'lishiga olib keldi, shuningdek, bioinformatika vazifalarini bajarishga mos yangi dasturiy ta'minot.