Aksariyat odamlar BLASTdan foydalanish usuli nukleotidlar yoki oqsillar ketma-ketligini barcha ommaviy ketma-ketlik ma'lumotlar bazalariga (yoki ularning kichik to'plamiga) qarshi so'rov sifatida kiritish, ketma-ketlikni BLAST veb-sahifalaridan biridagi matn qutisiga joylashtirishdir. Bu so'rovni Internet orqali yuboradi, qidiruv NCBI ma'lumotlar bazalari va serverlarida amalga oshiriladi va natijalar tanlangan displey formatida shaxsning brauzeriga qayta joylashtiriladi. Biroq, ko'plab biotexnologik kompaniyalar, genom olimlari va bioinformatika xodimlari o'zlarining mahalliy ma'lumotlar bazalarini so'rash uchun "alohida" BLAST-dan foydalanishni xohlashlari yoki BLASTni o'z ehtiyojlariga moslashtirish uchun qandaydir tarzda sozlashni xohlashlari mumkin. Mustaqil BLAST ikki shaklda keladi: buyruq satridan ishga tushirilishi mumkin bo'lgan bajariladigan fayllar; yoki foydalanuvchilarga BLAST veb-sahifalarining o'zlarining ichki versiyalarini o'rnatish imkonini beruvchi mustaqil WWW BLAST serveri.