Paxtachilikda eng koʻp tarqalgan kasalliklar - ildiz chirish, gommoz va vilt kasalligi hisoblanadi. Bu kasalliklar taʼsirida gʻoʻzada modda almashinuvi buziladi va oʻsimlikda morfologik hamda fiziologik oʻzgarishlar vujudga keladiki, oqibatda oʻsimlik barglari, meva organlari toʻkilib u qurib qoladi. Noqulay tashqi sharoit va oʻsimlikni mexanik zararlanishi bu kasalliklarni tez tarqatishiga sabab boʻladi. kasallik belgilari - ildiz, poya, barg, novda, mevalar va chigitda ham namoyon boʻladi.