Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash bioinformatika tadqiqotlarining yuragidir. Bu juda muhim struktural va funksional xususiyatlarga ega, yangi kashf etiladigan ketma-ketliklarni o'rganishning ilkbosqichi hisoblanadi. Ketma-ketliklarni taqqoslash to'g'ri aniqlanishiga yordam beradi va evolyutsionya yaqin bo'lgan yangi oqsillarini topishda muhim ahamiyat kasb etadi.