Mikroorganizmlar chiqindi suvlarni biologik tozalashda organik modda va toksinlarni metabolizatsiya qilib mineralizatsiya qiladi; aerobik bakteriyalar organik karbonni CO2 va suvgacha oksidlaydi; anaerobik mikroorganizmlar metan va boshqa gazlarga parchalaydi; nitrifikatsiya va denitrifikatsiya ammoniy va nitratni aylantirib azotni kamaytiradi; biyofilm va aktiv shlam membranalari orqali hujayra biomassasiga transformatsiya va flokulyatsiya sodir bo‘ladi; jarayonlarni pH, harorat, oksigen va oziq moddalar miqdori boshqaradi