Biologik faol moddalar chiqindi suvlarni tozalashda muhim rol o'ynaydi. Ushbu moddalar mikroorganizmlar tomonidan tabiiy ravishda ishlab chiqariladi va organik ifloslantiruvchi moddalarni zararli bo'lmagan mahsulotlarga aylantiradi. Ma'lumotlar ko'rsatadiki, biologik faol moddalar chiqindi suvlarni tozalash jarayonining samaradorligini 60-80 foizgacha oshirishi mumkin. Bakteriyalar, zamburug'lar va boshqa mikroorganizmlar, masalan, biofilmlar hosil qilib, ifloslantiruvchi moddalarni parchalab, suvni toza holatga qaytaradi. Bu usul energiya samaradorligi va ekologik xavfsizligi tufayli chiqindi suvlarni ekologik tozalashda keng qo'llaniladi