Микроорганизмлар ризосфераси растениега кўплик билан таъсир кўрсатади: улар слож кимёвий ўсимликларни растенилар учун кўлаймасга ойлар бўйича ўзгартиради, балки одами етказувчилар (масалан, гиббереллинлар), уларнинг морфологияси ва физиологияси ва бошқа специфик метаболитлари (мисол учун этилен)га таъсир кўрсатади, улар тарқаланайотган микроорганизмлар бўлганда, микроорганизмлар ризосфераси мухим биологик контрол агентларни (антибиотиклар, ферментлар, сидерофорлар ва бошқалар)тарғиб этади, бўлмаган микробиотанинг остидан тушдиради.