Lizosomalar Avtofagiya jarayonida, shikastlangan organellalar yoki hujayra tarkibiy qismlari lizosomalar tomonidan fagotsitoz orqali yutilganidan keyin gidrolizlanadi. Lizosomal membrananing kislotali pH (taxminan 4,5-5,0) saqlanishi lizosomal fermentlarning optimal faoliyati uchun zarur bo'lib, hujayra sitosolini fermentlar ta'siridan himoya qiladi.