Tuproq mikroflorasi o'simlik va hayvon qoldiqlari, hamda boshqa organik moddalarni parchalab tuproq hosil qiluvchi mikroskopik organizmlardan iborat. Tuproqda yashovchi bakteriyalar, zamburug'lar, aktinomitsetlar va mikoorganizmalar tuproqning asosiy mikroflorasi hisoblanadi