Tuproqning biologik ifloslanishi yuqumli kasalliklar qo'zg'atuvchilari, shuningdek, inson, hayvonlar va o'simliklar patogenlarini tashuvchi zararli hasharotlar va oqadilar mavjudligi sababli yuzaga keladigan organik ifloslanishning tarkibiy qismidir. Toza tuproqda bir nechta patogenlar yashaydi. Bular asosan yara infektsiyalari (qoqshol, gazli gangrena), botulizm va kuydirgining patogenlari. Bu sporali mikroorganizmlar tuproqda 25 yil davomida yashovchan holatda yashay oladi. Patogenlar tuproqqa odam va hayvonlarning ajralishi, tibbiyot muassasalarining oqava suvlari va boshqalar bilan kiradi. Toza tuproqda ular, qoida tariqasida, tez nobud bo'ladi. Biroq, organik moddalar bilan kuchli ifloslangan.