Yer osti suvlari murakkab ekologik tizimlar bo'lib, ularning kimyoviy va biologik xislatlari tabiiy muvozanatni yuzaga keltiradi. Bu xususiyatlar suv ekotizimlarining barqarorligini belgilaydi. Yer osti suvlarining ekologik guruhlar, biogen elementlar, azot, fosfor, karbon kabi biogen elementlar mavjud bo'lib, suvdagi organizmlar uchun oziq-ovqat manbai hisoblanadi. Mikrofauna, Yer osti suv ekotizimlarida turli bakteriya, zamburug', sutemizuvchilar, suvo'tlar kabi mikrofauna mavjud. Ular yer osti suv muvozanatida muhim rol o'ynaydi.