Biogaz zavodlari metan emissiyasini 90% gacha kamaytirishi mumkin bo'lsa-da, ularning qurilishi va ishlashi uchun energiya sarfi hisobga olinishi kerak. Germaniyada bunday zavodlarning energiya samaradorligi 70% atrofida. Biomassa ishlab chiqarishda, masalan, Braziliyada, o'rmonlarning 15% gacha kesilishi tufayli, biologik xilma-xillikning yo'qolishi va tuproq eroziyasi kuzatiladi. Biomassa ishlab chiqarishda, ayniqsa Braziliyaning Amazon o'rmonlarida, yiliga 100 million gektar o'rmon yo'q qilinishi tufayli karbon emissiyasi kamayishi mumkin.