PyMol dasturi biomolekulalar, xususan proteinlar va nuklein kislotalarni 3D formatda vizualizatsiya qilish uchun mo‘ljallangan. Uning asosiy funksiyalari quyidagilardan iborat: molekulalarni ko‘rinish modeli, sirt va elektrostatik potentsiallarni ko‘rsatish, molekulalarni animatsiya qilish va ularning harakatlarini boshqarish, molekulyar dinamik analiz, yuqori aniqlikdagi tasvir va video olish