Koordinatsion birikmalarda xuddi organik birikmalardagi izomeriya hodisasi keng targalgan. Ularda uchraydigan izomeriyani ikki guruhga ajratish mumkin, tuzilish izomeriyasi va tyer yeoizomeriyadir. Koordinatsion birikmalarni tashkil etgan tarkibiy qismlari uning ichki qavatlarida turlicha joylashishi mumkin.