1989-yilning mayida Farg‘onada o‘zbeklar va mesxeti turklari o‘rtasida dahshatli qirg‘inga aylangan ommaviy to‘qnashuvlar boshlanib ketdi. Farg‘onada ziddiyat to‘lqini olib 100 dan ziyod kishi qurbon bo‘ldi, mingga yaqin inson jarohatlandi. Islom Karimov respublika rahbari etib saylandi va Farg‘onaga borib, siyosati va sa’y-harakatlari jarayonni boshladi.