Nanozarrachalar va nanostrukturalar o'ziga xosligi ularni o'rganish usullarining rezolyutsiyasiga talablarni qo'yadi. Moddalarning molekulyar va atom tuzilishini o'rganish uchun an'anaviy usullar bilan birgalikda rentgen nurlari difraksiyasi va spektroskopiya, fotoelektron spektroskopiya keng qo'llaniladi. Hozirgi vaqtda mikroskopik usullar nanoob'ektlarni vizual tarzda ro'yxatga olish imkonini beradi.