Buxoro amirligida oliy hukmdor amir hisoblanib, uning hokimiyati avloddan avlodga meros tarzda o’tgan. Amirlikni mang’itlar sulolasiga mansub cheklanmagan hokimiyatga ega bo’lgan hukmdorlar boshqargan. Buxoro shahri amirlikning ma’muriy markazi edi. Amirlikda ijro hokimiyati bosh vazir –qo’shbegiqo’lida bo’lgan. Viloyat va tuman hokimlariqo’shbegitavsiyasi bilan tayinlangan. Moliya va xazina ishlari, soliqlar to’planishi kabi sohalarni devonbegi idora qilgan. Devonbegiga tashqi aloqalarni yuritish ham yuklatilgan. Unga amirlik hujjatlarini yuritishgamas’ulmirzaboshi bo’ysungan.