Endotoksinlər, adından göründüyü kimi LPS kimyəvi cəhətdən polisaxarid və lipid kompleksindən ibarətdir. Polisaxarid kompleksi LPS-in antigenliyini təmin etməklə O-antigendan va özək hissadən təşkil olunmuşdur. O-antigen kifayət qədər dayişkənliyə malik olmaqla hətta eyni növdən olan bakteriyalarda belə fərqlənə bilər.