Ichak disbiyozida patogenez ko'pincha ichak mikroflorasining sifat va miqdoriy muvozanatining buzilishidan kelib chiqadi, bu esa 10^14 bakteriyalarning nisbatini o'zgartiradi. Patofiziologiya immunitetning buzilishi bilan bog'liq, masalan, IgA antitanachalarining ishlab chiqarilishi kamayishi va yallig'lanishga qarshi sitokinlar darajasining o'zgarishi