Mikroorganizmlar oziq-ovqatsanoatida muhim rol o'ynaydi. Ular oziq-ovqat mahsulotlarini ishlab chiqarishda, saqlash va qayta ishlashda ishlatiladi. Fermentatsiya jarayonida oziq-ovqat mahsulotlarining fermentativ o'zgarishini ta'minlaydi. Misol sifatida, sut mahsulotlari (yogurt, qaymoq, pishloq) ishlab chiqarishda laktik kislotabakteriyalari (masalan, Lactobacillus) ishlatiladi.