Farg‘ona vodiysi O‘rta Osiyoning eng muhim suv va yer resurslariga ega bo‘lgan hududlaridan biri bo‘lib, unda yer osti suvlarining ekologik holati antropogen ta’sirlar, iqlim o‘zgarishlari va intensiv sug‘orish tizimi natijasida keskin o‘zgarishlarga duch kelayotgan.