Qayta qurish davri (1985–1991) O'zbekistonda keskin murakkablik bilan kechdi. Siyosatda "Paxta ishi" va markaziy nazoratning zaiflashuvi natijasida milliy o'zlikni anglash kuchaydi, norasmiy siyosiy harakatlar (masalan, "Birlik") paydo bo'ldi. Ijtimoiy sohada iqtisodiy tanqislik, ekologik muammolar va Farg'ona voqealari kabi milliylararo keskinliklar kuzatildi. Bu davr Mustaqillikka intilish uchun zamin yaratdi.