Buxoro amirligi chegaralari janubda Amudaryoning chap qirg‘og‘idan boshlanib shimolda Sirdaryogacha, sharqda Pomir tog‘laridan g‘arbda Xiva xonligi yerlarigacha cho‘zilgan. Davlat hududi XIX asrning o‘rtalarida Eron, Afg‘oniston, Qo‘qon va Xiva xonliklari, qozoq juzlari yerlari bilan che garadosh bo‘lgan. Amirlikning markaziy qismi Buxoro va Samarqand shaharlari joylashgan Zarafshon vodiysi hisoblangan. Shu bilan birga hududiy jihatdan viloyat va tumanlarga bo‘linib, ularni amir tomonidan tayinlangan beklar boshqargan. Amirlik tarkibida 40 ta viloyat bo‘lgan. Buxoro amirligining aholisi soni 2 million atrofida bo‘lgan.