Shayboniyxon 1497-yilda Movarounnahrga o‘zining dastlabki yurishini uyushtirgan. U katta kuch bilan Samarqandga yurish qildi, lekin shaharni ololmasdan, Qarshi va Shahrisabzga hujum qilib katta o‘lja bilan qaytib ketgan. Shayboniyxon 1499-yildan Movarounnahrni zabt qilishni boshladi. 1499-yilda u jangsiz Buxoroni va 1500-yilda temuriylar davlatining poytaxti bo‘lmish Samarqandni egallaydi. Shu tariqa Temuriylar davlati o‘rnida Shayboniylar hukmronligi o‘rnatildi. 1533-yilda Abu Saidxon vafotidan so‘ng, turkiy an`anaga binoan sultonlar ichida eng yoshi ulug‘i Ubaydullaxon Buxoroda shayboniylar sulolasining xoni qilib ko‘tarilgan. Poytaxt ham Samarqanddan Buxoroga ko‘chirilib, davlatning nomi rasmiy ravishda Buxoro xonligi deb atalgan. Nafaqat Ubaydullaxon hukmronligi davrida balki butun Shayboniylar davrida Buxoroning siyosiy, iqtisodiy va madaniy markaz sifatidagi mavqei kuchaydi. Shu jihatdan olib qaraganda mustaqillik sharofati bilan shayboniylar davrida Buxoro mavzusini tadqiq etish dolzarb mavzulardan biri hisoblanadi.